胃肠肿瘤外科以患者的个体化治疗为宗旨，严格按照中国临床肿瘤协会（CSCO）诊疗指南，积极推广胃肠肿瘤的规范化手术，重视综合治疗。

科室在上海复旦大学肿瘤医院治疗理念的基础上，规范开展胃癌的标准D2根治手术，即在手术过程中不仅将病灶充分切除，同时彻底清扫胃周淋巴结，将淋巴清扫和胃肿瘤切除同时完成，极大提高胃癌治疗效果及术后生存率。同时开展围手术期综合治疗、胃肠道肿瘤微创手术、胃癌手术中的纳米碳淋巴结示踪技术、早期胃癌的EMR/ESD内镜下治疗、腹腔热灌注化疗及直肠癌的术前放疗等，并成为科室常规治疗手段。

以胃肠肿瘤新辅助治疗、腹腔镜手术、机器人手术等临床新技术为特色项目。科室拥有3D腹腔镜，高清荧光内窥镜等国际尖端设备，并开展达芬奇第四代机器人手术。